1、增加適口性、提高家禽的采食量
發酵飼料一般具有特殊的香味，可以增加家禽的采食量。如經過乳酸杆菌發酵的豆粕會散發獨特的酸味，經過枯草芽孢杆菌發酵的豆粕具有特殊的醇香；經過產朊假絲酵母菌發酵過的桑果渣具有濃鬱的酒香味。禽類由於特殊的生理特點，舌頭上的味蕾較少，對味道不是很敏感，但是嗅覺較好。
2、改善營養結構、增強酶的活力
由於微生物的作用，飼料在發酵過程中，大分子的蛋白質被分解成小分子的氨基酸、多肽及氨等物質，改善飼料原本的營養結構，增加動物的消化吸收利用率。馬文強等和劉長忠等的研究發現，經過發酵的飼料中粗蛋白質的含量明顯增加，並且酶的活性顯著增強，脂肪酶的活性提高了4.75%，澱粉酶的活性提高了24.89%。
3、降解飼料中的有毒物質和抗營養因子
豆粕、棉籽粕、菜籽粕等飼料中的抗原蛋白、棉酚、硫甙、芥子酸等毒素以及單寧、植物酸非澱粉多糖等抗營養因子會影響畜禽對營養的利用以及生長和發育，甚至造成畜禽的死亡。研究表明，一些傳統的處理方法無法完全的解決這一問題。有研究表明，微生物發酵飼料可以降解這些毒素和抗營養因子，如豆粕中的大豆球蛋白、胰蛋白酶抑製因子以及棉子糖和水蘇糖的含量大幅度降低；棉籽粕中的毒素經過4種酵母菌的發酵總脫毒率能夠高達97.45%；菜籽粕中的硫苷、單寧和植酸降解率分別高達93.44%、34.86%、18.15%。
4、改善腸道菌群、提高免疫力
微生物發酵飼料可通過其中的酵母菌、乳酸杆菌、芽孢杆菌等益生菌，通過相互抑製動物腸道內的有害菌的異常生長來調節腸道微生物菌群，而且還可通過其代謝產生的抑菌素等物質進行免疫激活，從而刺激腸道免疫器官的生長，激發機體的體液免疫和細胞免疫，增強機體的免疫能力和抗病能力。有研究發現，飼喂發酵飼料可以改善腸道屏障的功能，增強空腸中斷和回腸的絨毛高度。
